Señala la plataforma Pacto por el Mar Menor que la principal causa de esta alteración son los excesos de nutrientes (nitrógeno y fósforo) procedentes de la agricultura intensiva del entorno del mar. El Instituto Español de Oceanografía propone mejorar la calidad del agua del Mar Menor mediante la utilización de bivalvos, que eliminarían nitratos gracias a su gran capacidad filtradora