En el territorio donde se construye este tren se encuentra buena parte de lo que se conoce como la Selva Maya. Considerada como el bosque tropical más grande de Latinoamérica, después del Amazonas. Allí habitan especies en peligro de extinción, como el jaguar (Panthera onca), el tapir centroamericano (Tapuris baidrddi). O el pecarí de labios blancos (Tayassu albirostris), entre otros muchos de gran valía para la equidad medioambiental. Expertos temen que el Tren destruya esa vigorosa selva